Несомненно, что в теории автономия должна быть территориальной. Но на практике всегда есть движущие силы этой автономии, который очень часто определяются именно по этническому принципу. Плодами автономии в Южном Тироле пользуются не только немцы и ладины, но и местные итальянцы. Однако именно немцы за нее боролись, были движущей силой процесса. В Трансильвании (Эрдей), точнее ее восточной части Ковашне, движущая сила автономизма - венгры, хотя многие местные румыны и цыгане поддерживают ее идею. Аландские острова автономия, по факту, именно для местных шведов, так как официальным языком там только лишь шведский, несмотря на официальное двуязычие всей страны. Ну а Косово? ЕС и США спокойно смотрели на то, как строится (точнее восстанавливается) именно этническая автономия, потом плавно переросшая в независимое государство, в котором неалбанцам места фактически нет - ни сербам, ни цыганам, ни даже туркам или черкесам, пусть они и мусульмане, как подавляющее большинство косовских албанцев.
В чем интересное отличие Латгалии от остальных европейских примеров - ее естественный исторический мультикультурализм. В Европе кроме Воеводины нет такого региона, где бы так чересполосно жили бок о бок представители разных национальностей. Раньше Босния такой была, но увы, война все кардинально поменяла. Теперь разве что Дагестан, но не все Кавказ к Европе относят, да и там не чересполосица, а четко выраженные анклавы. А в Бургенланде маловато этногрупп для аналогии.
Но именно русские и латгалы - основное население края. Так что на практике, конечно же, идею латгальской автономии будут связывать именно с  ними. Ну, скажем так, что поделать - так проще для человеческого мышления. Ведь психологические факторы тоже немаловажны, согласитесь.

Так и должно быть в отношении их идентичности. Однако, точно так же это распространяется и на другие приведенные вами примеры. Нравится вам или не нравится, но если латгалы захотят "стенать" о "вековой боли", о "латгальской Латгалии" и т.п. - это это их право. Люди вольны делать не только то, что вам нравится. Как и вы вольны делать то, что другим не нравится.